The Midnight Meat Train, gece metrolarında işlenen gizemli cinayetleri araştıran genç fotoğrafçı Leon'un hikâyesini anlatır. Leon, kaybolan insanların izini sürerken Mahogany adlı esrarengiz bir kasaptan şüphelenmeye başlar. Takıntı hâline gelen araştırması onu New York metrosunun altında saklanan korkunç bir sırra götürür. Film ilerledikçe olayların sıradan bir seri katil vakasından çok daha karanlık ve doğaüstü bir boyutu olduğu ortaya çıkar